自2016年7月，科瓦奇开始执教拜仁慕尼黑，他的任期一直持续到2018年12月。在科瓦奇执教拜仁的两年期间，拜仁获得了多项成绩，包括两次德国联赛冠军、一次德国杯冠军、一次欧洲超级杯冠军，以及两次欧冠比赛的决赛参赛资格。科瓦奇的执教特点是强调进攻，他的球队经常采取进攻密集型战术，对对手施加巨大压力，以便获得三分。此外，他的球队的防守也很坚实，在他的两个赛季中，拜仁才丢进51个球，这是德甲联赛中最少的进球数。另外，科瓦奇在拜仁也取得了不错的群体管理成绩，他把拜仁打造成了一支充满活力，有着强大攻击力的团队。总之，科瓦奇在拜仁期间取得了非常不错的成绩，他为拜仁带来了许多荣耀。
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